Niên đại xây dựng chùa Vạn Linh Khánh chưa được xác định rõ. Theo bài minh trên chuông đồng đúc lại vào năm Thiệu Trị thứ 3 (1843) có nói vào năm Cảnh Thịnh thứ 15 triều vua Lê Hiển Tông (1754) đã có Linh Khánh Tự. Trải qua bao sóng gió thăng trầm của thời gian, toàn bộ văn bia, am, tháp ở đây đã không còn. Nhưng những hiện vật đồ thờ và tượng pháp còn lưu giữ được khá đầy đủ đến ngày nay chứng tỏ ngôi chùa nằm sát biên giới Việt – Trung phải là một công trình tôn giáo chứa đựng bề dày lịch sử và giá trị văn hóa sâu sắc.
Về tổng thể, chùa Vạn Linh Khánh được xây dựng theo kiểu chữ Hồi, gồm các công trình chính: Tam quan, Nhà Tổ, Nhà Mẫu, Nhà Khách. Trải qua những tác động của thời gian, đến nay chùa đã nhiều lần được trùng tu, dấu ấn thời Lê không còn nữa. Nhưng tại đây vẫn còn lưu giữ được một hệ thống tượng gồm 53 pho tượng cổ được bổ sung qua nhiều thời kì. Đáng chú ý nhất là 4 pho tượng Thích Ca sơ sinh, 2 pho tượng Quan Âm Tống tử và 2 pho tượng Tam thế nhỏ. Dù nằm sát biên giới Việt – Trung, cư dân sinh sống có sự giao thoa giữa người Hoa và người Việt. Nhưng những hiện vật đồ thờ, những mảng chạm khắc và hệ thống tượng phật ở đây lại được những bàn tay khéo léo, tinh xảo của các nghệ nhân chạm trổ tạo nên những pho tượng mang đậm bản sắc văn hóa của dân tộc Việt Nam.
Không chỉ là địa điểm sinh hoạt văn hóa, tín ngưỡng của nhân dân địa phương, chùa Nam Thọ còn là một di tích lịch sử văn hóa gắn liền với quá trình đấu tranh bảo vệ tổ quốc và xây dựng đất nước của nhân dân ta. Chính vì thế, nhiều du khách và phật tử muốn đến đây để tìm cho mình một khoảng không riêng, để suy ngẫm về cuộc đời, con người và nhân thế và được hòa mình vào với những giáo lý của đạo Phật, hướng tới cái thiện, cái mỹ. Hàng năm, tại di tích chùa Nam Thọ cũng có nhiều ngày lễ, thu hút được đông đảo phật tử và du khách tới tham gia, đó là lễ Phật Thích Ca (8/4 ÂL), lễ Vu Lan (Tháng 7ÂL), lễ Phật A Di Đà (17/11 ÂL) …
Nằm ở vị trí quan trọng nơi địa đầu tổ quốc, chùa Nam Thọ cũng như các công trình kiến trúc nghệ thuật và văn hóa khác của thành phố Móng Cái là “cột mốc” vững bền khẳng định chủ quyền lãnh thổ quốc gia, khắc ghi dấu ấn lịch sử và mang đậm những nét văn hóa đặc trưng của dân tộc Việt Nam tại vùng biên cương của Tổ quốc./.
